该校始建于1845年10月10日，由当时的海军部长乔治·班克罗夫特创建，当时校园仅占10英亩土地。

1950年7月1日正式定名为美国海军军官学校。学校采用新的课程体系，学制4年。校园面积扩大到338英亩。

美国内战爆发后，1861年5月13日，海军军官学校奉命迁往罗德岛州的纽波特。

直到1865年6月22日，经国会批准，海军军官学校才又迁回到安纳波利斯。

主要建筑物始建于1899年，采用文艺复兴时期的风格。其后经历年扩建，已成为美国西海岸最著名的建筑群之一。

1930年10月25日，美国大学联合会接纳了该校。

1932年国会通过立法，授权该校授子毕业学员学士学位。

1933年5月，美国国会授权海军军官学校校长向自接纳之日起的该校毕业生授予理学学士学位。

1937年，国会又将这一荣誉泽及自该校成立以来所有活着的毕业生。该校长期以来被列入全美最著名的50所高校之一。

1963年，联邦政府指定该校校舍为国家历史文物。每年来此观光的游客达100万以上，主要建筑物有：号称世界最大宿舍楼的班克罗夫特大楼，是学员生活楼，每个房间住2～3名学员。

1975年10月，国会授权该校招收女学员。目前该校在校学员达4500人。

1976年，美国国会批准所有军种院校对妇女开放，海军军官学校也开始接受女性学员。

目前，该校在校学员达4500人。女性学员一般约占新生的15～18%，她们与男学员攻读同样的学业课程，接受同样的职业训练。