截止2007年，大学主体由7个系，1个学院和1个研究所组成：
科学系（lafacultédessciences）
医学系（lafacultédemédecine）
文学系（lafacultédeslettres）
经济与社会科学系（lafacultédesscienceséconomiquesetsociales）
法学系（lafacultédedroit）
神学系（lafacultédethéologie）
心理学和教育学系（lafacultédepsychologieetdessciencesdel'éducation）
翻译学院（Écoledetraductionetd'interprétation）
建筑学研究所（Institutd'architecture）
大学的从属学院还包括八个系属学校和跨系别研究中心：
法语文化及语言学校（Écoledelangueetdecivilisationfrançaises）（文学系下属）
体育教育学校（Écoled'éducationphysiqueetdesport）（医学系下属）
大学信息中心（Centreuniversitaireinformatique）
大学人口生态学及环境科学中心（Centreuniversitaired'écologiehumaineetdessciencesdel'environnement）
大学能源问题研究中心（Centreuniversitaired'étudedesproblèmesdel'énergie）
老年问题中心（Centreinterfacultairedegérontologie）
宗教改革史研究所（Institutd'histoiredelaréformation）
日内瓦大学欧洲中心（Instituteuropéendel'universitédeGenève）
以下独立学院也依托于日内瓦大学：
高级国际关系及发展学院（Institutdehautesétudesinternationalesetdudéveloppement），2008年由原国际高等教育学院（Institutdehautesétudesinternationales）和国际发展学院（Institutuniversitaired’étudesdudéveloppement）合并而成
Bossey神学院（Institut?cuméniquedeBossey）
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